Допустимый ответ: тем, что сайт везде одинаковый — и на Android, и на iOS. А приложение нативное, в нем предусмотрены элементы разных операционных систем, которые лучше не смешивать, потому что опыт взаимодействия со смартфоном у разных пользователей сильно отличается. Есть еще разница в скорости работы — считается, что нативные приложения отрабатывают быстрее.